Ini Era-nya Protein !

Pada tanggal 14 April 2003, the International Human Genome Project sequencing Consortium secara resmi mengumumkan rampungnya project penelitian raksasa sepanjang sejarah manusia, Human Genome Project (HGP). Rampungnya project ini ditandai dengan selesainya sekeunsing seluruh gen dalam tubuh manusia.  Project yang dimulai tahun 1990 berhasil mengidentifikasi tidak kurang dari 20.000 – 25.000 gene dalam tubuh manusia. Meski jauh lebih sedikit dari pada eskpektasi sebelumnya (yakni sekitar 100 ribu gene dalam 3 milyar pasang basa yang ada dalam tubuh manusia), setidaknya project awalnya dipimpin oleh James D watson (sang penemu struktur helilks DNA) menjadi peletak dasar bagi perkembangan riset di era sesudahnya, terutama dalam bidang kesehatan sebagai aspek vital kelangsungan hidup manusia. Statement dalam tujuang project ini sangat jelas, yakni “to the continuing progress of medicine and other health sciences as knowledge of human anatomy has been for the present state of medicine”.

Yang menjadi pertanyaan sekarang adalah, setelah project ini rampung, apakah tujuan itu sudah tercapai ? Nyatanya belum bahkan masih sangat jauh ! Human Genome project hanya mengantarkan kita pada sebuah pemahaman “genomic” manusia, belum sampai menjawab tujuan tersebut. Era sesungguhnya untuk menjawab tuntutan tersebut justru dimulai dari era sesudahnya. Mengutip perkataan Francis Colin, kepala project HGP, “only then would the real race begin !”. Era pasca project ini menjadi era penting dalam “adu balap” aktivitas riset di seluruh dunia dalam mencapai goal akhir tadi.  Inilah era : Post Genome Project !!

Read Full Post »

Proline yang bikin rese..

Dari 20 asam amino penyusun rangkaian panjang peptide alias protein, mungkin proline adalah residu asam amino yang bikin “rese”. Kenapa bisa bikin repot ? Begini ceritanya, saat protein disentisis dari ribosome, umumnya protein masih berupa rantai linier kayak ular melata. Struktur liner ini ketika sangat tidak aman bagi kelangsungan hidup protein, sifatnya yang open acces alias terbuka disemua sisi-nya, menyebabkan dia gampang diserang enzim protease untuk dicacah atau didegradasikan. Alhasil, usia si protein hanya seumur jagung, mati tanpa bisa berfungsi. Untuk itu, biasanya begitu keluar dari ribosome, si protein langsung mengambil ilmu-nya satria baja hitam untuk berubah bentuk, dari linier berubah menjadi lipatan-lipatan tertentu sehingga tidak lagi “open akses”. Bayangkan saja kita buat pilinan liner memanjang dari tanah liat, lalu kita tekuk-tekuk atau lipat-lipat tanah liat itu. Begitulah proses pelipatan proten segera setelah keluar dari ribosome (istilah pelipatan ini kemudian dikenal dengan “folding”). Dalam bentuk lipatan ini, si protein bisa terlindungi dari serangan enzim-enzim perusak, model protease dan kawan-kawan. Terlebih lagi, hanya dalam bentuk seperti ini pula, protein bisa berfungsi (functional) sebagai mana mestinya. Nah, rese-ya si proline adalah dalam mempengaruhi proses melipat ini. mari kita lihat..

Read Full Post »

Kun Fayakun…

Dalam Al-Qur’an setidaknya ada 6 ayat dalam 6 surat berbeda yang menyisipkan kalimat “kun fayakun” secara umum diterjemahkan dengan “Jadilah, (maka) jadilah ia !”. Berturut-turut ke-enam ayat tersebut dari depan adalah : QS 2 : 117; QS 6 : 73; QS : 16 : 40; QS 19:35; QS 36:82; dan QS 40:68. Meski dari keenam surat tersebut yang paling populer di masyarakat hanyalah “kun fayakun” dalam Surat Yasin ayat 82, tetapi semua sudah mafhum bahwa kata ini selalu menyertai firman Allah yang terkait dengan proses cipta menciptakan. Dan dalam konteks proses penciptaan itu pula, tafsiran “kun fayakun” ramai diperbincangkan. Apakah sama artinya dengan “sim salabim?” seperti halnya pesulap “menghadirkan” sesuatu ? Perdebatan tafsiran makin bergeser dan masuk ke dalam ranah ilmu pengetahuan karena sebagian pihak menggunakannya untuk membenturkan agama dan sains, misal : (lagi-lagi) ketidak sesuaian teori evolusi dan kun fayakun. Bagaimana kita sejatinya menempatkan tafsiran ini ?

Read Full Post »

Harun Yahya dan Teori Evolusi

Saya lupa tepatnya, yang saya ingat saat itu kami sedang ada di kelas Advanced Molecular Genetic. Sang professor dengan fasih mengungkapkan jejak-jejak evolusi di level molekuler, mulai dari histone hingga kromosom. Seorang mahasiswa dari Iran tiba-tiba mendebat sang professor dengan menyatakan ketidaksetujuaannya. Alasanya: saya orang Islam ! jelas saja si professor agak”keki” mendapatkan alasan yang dirasa dia kurang “ilmiah”, sehingga keluarlah “ocehan-ocehan” beliau yang agak membuat “pekak telinga” mahasiswa di kelas itu. Selidik punya selidik, setelah saya dekati si mahasiswa Iran tersebut, ketidaksetujuannya tersebut salah satunya dipicu oleh buku bantahan evolusi-nya “Harun Yahya”. Ah…ini dia,,menarik untuk dibahas…

Read Full Post »

Hati-hati menggunakan primer saat Colony PCR

Bagi yang biasa bekerja dengan gen dan kawan-kawanya mungkin sudah faham dengan PCR sebagai sebuah reaksi amplifikasi sekuens DNA tertentu. Mungkin juga sudah kenap dengan colony PCR yang biasa dipakai untuk mendeteksi keberadaan insert gene pada sebuah colony transformant sehabis kita meligasikan gene tersebut dengan plasmid dan mentransformasinya ke competent cell. Yang saya ingin share disini adalah pilihan menggunakan primer saat melakukan pekerjaan tersebut, karena salah memilih primer bisa memberikan hasil yang cukup “menipu” kita.

Read Full Post »